Hl. Nikolai menighet var opprinnelig en Oslo-menighet (selv om medlemmene kunne bo over hele landet) – etter hvert var det en stadig større del av medlemmene som bosatte seg utenfor Oslo, og det har blitt opprettet filialer noen steder utenfor Oslo etter initiativ fra medlemmer som bor der. Disse kalles ”kirkeforeninger” (etter det russiske ”obshina”) og er ikke selvstendige menigheter, men aktivitets-punkter. Det finnes slike i Bergen og Neiden og Rogaland. I kirkeforeningene legges det til rette for gudstjenester og kirkelige handlinger etter behov, i tillegg til at medlemmene forsøker å organisere lekmanns virksomhet form av foredrag, bønnesamliner og sosiale treff.
Oslo
Menighetens senter og største befolkning finnes i Oslo. Her finnes en komplett kirke med fresker opp etter alle vegger og Pantokrator-kuppel, kontor og rom for kirkekaffe i kjelleren. Her holdes det Gudstjeneste hver søndag kl 1100.
Hurdal
Munkenes hjem, Hellige Trifon Skita, våre kjære fr. Johannes og fr. Serafim, er i Hurdal. En god halvtimes kjøring fra Eidsvoll Verk. Her, midt i skogen blant brekende sauer, blåbærlyng og kirkespir har munkene sitt faste bosted. Klosteret består av en gammel skole som nå tjener som matsal, kjøkken og husvær. Der står i tillegg et gjestehus for den som trenger overnatting, et museum, en klostermur og selve klosterkirken som er lik kirken i Oslo foruten at den er mindre og uten kuppel innvendig. Her holdes det åpen Gudstjeneste på faste tidspunkter gjennom året.
Bergen
I Bergen er det en betydelig kirkeforening hvor det holdes Gudstjenester den andre lørdagen hver måned kl 1000. Her møter det mellom 30 og 40 troende i den lille huskirken når fr. Johannes kommer reisende fra Oslo for å feire Nattverden. Det store oppmøte og den lille kirken gjør opplevelsen veldig intim og man klarer ikke å skille koret fra menigheten hverken etter øre eller syn. Bestandig serveres her den beste kaffe i hele Hellige Nikolai Menighet skal vi tro fr. Johannes.
Neiden
I Neiden finner vi koppelet etter Hl Trifon, Nordens Opplyser, som klosteret i Hurdal er oppkalt etter. Dette kapellet er
Sandnes